Projeler

Permanent URI for this communityhttps://hdl.handle.net/20.500.14719/4232

Browse

Author: search.filters.author.Ayça YALÇIN ÖZKUMUR

Search Results

Now showing 1 - 2 of 2
  • No Thumbnail Available
    Research Project
    Canlı Hücre Dizileri Ile Yüksek Ölçüm Kapasiteli Bir Fonksiyonel Ölçüm Sistemi Gelistirilmesi
    (2017) Ayça YALÇIN ÖZKUMUR; BAHÇEŞEHİR ÜNİVERSİTESİ
    Hastalık tedavisinde büyük öneme sahip fonksiyonel terapötiklerin kesfinde canlı hücre tahlillerine dayalı tekniklerin kullanımı ile önemli gelismeler saglanabilmektedir. Mevcut ölçüm teknikleri ile çok sayıda terapötik tespit edilmis, ve enfeksiyon hastalıkları için ası gelistirme ve kanser tedavisi kritik uygulamalarda basarılı biçimde kullanılmaktadır. Canlı hücre tahlillerin yaygın kullanımı ve farklı hastalıklar için uygulanabilmesinde önemli limitasyonların basında ölçüm tekniklerinin masraflı olmaları, ve skalabilitelerinin (ölçeklenme) düsük olması gelmektedir: mevcut mikro-titre bazlı formatlar ile tek bir test ile yapılabilen ölçüm sayısı düsüktür. Bu limitasyonların önüne geçilebilmesi, ve canlı hücre tahlil yöntemlerinin potansiyellerinin tam anlamıyla degerlendirilebilmesi için basit ve etkin yöntemler yardımıyla hücre-temelli fonksiyonel biyolojik sinyallerin okunmasına izin veren teknolojilere ihtiyaç duyulmaktadır. Bu ihtiyaca cevap vermek üzere bu projede çok amaçlı ve kolayca ölçeklenebilen bir hücre dizileme yöntemi gelistirilmesi, ve bu yöntemin yüksek ölçüm kapasiteli ve hücre-temelli fonksiyonel ölçümlere izin verecek biçimde uygulanabilirliginin gösterilmesi hedeflenmistir. Geçtigimiz yıllarda biyoteknolojideki gelismelere paralel olarak hücre-temelli fonksiyonel ölçümlerde makro-boyutlu standart laboratuvar tabaklarından mikro-boyutlu ölçüm yöntemlerine geçilmis, ve gelistirilen yeni ölçüm teknolojileri ile hastalık teshis ve tedavilerinde önemli gelismeler yasanmıstır. Nano-seviyede ölçüm yapabilen teknolojilerin öne çıkması ile yeni bir dönem baslamıs, ve yüksek kapasiteli ve yüksek içerikli fonksiyonel ölçüm yapabilen teknolojilerin gelistirilmesi odaklı çalısmalar hız kazanmıstır. Bu projede önerilen metotlar bu teknolojik gelismelerden faydalanmakta, ve özgün katkıda bulunmaktadır. Proje kapsamında farklı uygulamalara yönelik hücre göçü (migrasyon), çogalma (proliferasyon), yasayabilme (viyabilite), ve haberci sinyal birikimini ölçme testlerinde kullanılabilecek, bunun yanısıra tekhücre düzeyinde salgılanan terapötiklerin yüksek kapasiteli fonksiyonel ölçümüne de olanak tanıyacak bir canlı hücre dizileme teknigi gelistirilmistir. Teknolojinin ve ölçüm formatının yetkinligi proje kapsamında iki farklı uygulama için test edilmistir. Bunlardan ilki enfeksiyon hastalıkları alanında büyük önem tasıyan, ve hücrelerden salgılanan antikorların baglanması ile virüslerin etkisiz hale getirilmesini (nötralizasyon) ölçen bir test gelistirilmesidir. Diger uygulama ise kanser tedavisinde önemli gelismeler saglamıs, bi-spesifik antikor adı verilen ve laboratuvar ortamında gelistirilen antikorlar yardımıyla T hücrelerinin kanserli hücrelere baglanmasının ve bu yolla kanserli hücrelerin öldürülmesinin tespitini saglayan bir test gelistirilmesidir. Gelistirilen hücre dizileme teknigi her iki uygulama için de binlerce hücrenin salgıladıgı antikorların fonksiyonel etkisinin ayrı ayrı ve paralel olarak tespit edilmesine olanak saglamaktadır. Proje kapsamında gelistirilen yöntemin sonraki çalısmalarda farklı enfeksiyon hastalıkları ve kanser uygulamalarının yanısıra hücre-hücre ve mültipl hücre etkilesimleri, ko-kültürler, ve yara kapanma testleri gibi doku mühendisliginin ilgi alanına giren uygulamalarda da kullanılabilecegi düsünülmektedir.
  • No Thumbnail Available
    Research Project
    Ekstraselüler veziküllerin analizi için optik bir biyosensör aygıtının geliştirilmesi
    (2016) Ayça YALÇIN ÖZKUMUR; Mahmut Selim ÜNLÜ; BAHÇEŞEHİR ÜNİVERSİTESİ; BAHÇEŞEHİR ÜNİVERSİTESİ
    Hücreler hücre dışı ortama eksozom ve mikrovezikül olarak adlandırılan çeşitli türlerde hücredışı (ekstraselüler) veziküller bırakırlar. Eksozomlar 40 nm ile 100 nm arasında değişen boyuttadırlar, ve hücrelerarası iletişimde hücre zarı, sitozolik proteinler, lipidler, DNA ve RNA taşıyıcılığı yoluyla etkin rol oynarlar. Ekstraselüler veziküllerin (EV) hücrelerarası trafik, bağışıklık, nörobiyoloji ve mikrobiyoloji gibi bir çok alanda kilit roller oynadığına, kanser, nörodejeneratif hastalıklar ve HIV/AIDS gibi birçok hastalıkta etkin olduklarına işaret eden bulguların sayısı her geçen gün artmaktadır. Bununla beraber, EV’lerin teşhis, takip ve tedavi süreçlerinde aktif kullanımları ancak bu parçacıkların doğru analiz yöntemleriyle detaylı karakterizasyonları neticesinde hayata geçirilebilir.Bu projede, EV’lerin çeşitli hastalıklar için biyoişaretleyici olarak kullanım potansiyellerinin anlaşılması amacıyla biyosıvılar içerisinde bulunan EV’leri yüksek duyarlılıkla algılayacak ve karakterize edebilecek, klinik ortamda kullanıma uygun yeni jenerasyon bir optik metodun geliştirilmesi hedeflenmiştir. Bu projenin kapsamı içerisinde eksozomlar bir sensör yüzeyi üzerinde algılanacak, ve interferometrik bir görüntüleme yöntemi ile yüzeye bağlanan eksozomlar tespit edilecektir. EV’lerin etkin ve spesifik bir şekilde bağlanmalarını sağlamak amacıyla sensör yüzeyi bir polimerle kaplanacak ve eksozomların yüzey proteinlerine karşı test edilecek antikorlarla aktif hale getirilecektir. Eksozomların bu mikrodizi formatında hazırlanacak antikor adacıklarına bağlanması, daha önce protein ve DNA algılamalarında, ve tek nanoparçacık ve virüs ölçümlerinde başarıyla kullanılmış optik bir metot (Interferometrik Yansıma Görüntüleyici Sensör) baz alınarak geliştirilecek yeni bir yöntemle tespit edilecektir.Bu projede önerilen yeni geliştirilecek teknoloji EV’lerin algılanmalarını ve analiz edilmelerini sağlayacak, ve sayede değişik biyosıvılar içerisindeki birçok türde EV’nin incelenmesi mümkün olacaktır. Bu yeni teknoloji, literatürde ve piyasada EV’lerin analizi için başvurulan yöntemler arasında sağlayacağı kolay, hassas, güvenilir, ve tekrar edilebilir ölçümlerle sivrilecektir. Son olarak, alanında uzman bilim insanlarının oluşturacağı uluslararası güç birliği ile geliştirilecek bu platformu kullanarak sonraki projelerde EV’lerin bir çok hastalığın tanı ve takibindeki potansiyelini doğru şekilde kullanmak, ve teşhis ve tedavi yaklaşımlarına devrim niteliğinde katkılar yapmak mümkün olacaktır.