Projeler
Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/20.500.14719/4233
Browse
3 results
Search Results
Research Project Ekstraselüler veziküllerin analizi için optik bir biyosensör aygıtının geliştirilmesi(2016) Ayça YALÇIN ÖZKUMUR; Mahmut Selim ÜNLÜ; BAHÇEŞEHİR ÜNİVERSİTESİ; BAHÇEŞEHİR ÜNİVERSİTESİHücreler hücre dışı ortama eksozom ve mikrovezikül olarak adlandırılan çeşitli türlerde hücredışı (ekstraselüler) veziküller bırakırlar. Eksozomlar 40 nm ile 100 nm arasında değişen boyuttadırlar, ve hücrelerarası iletişimde hücre zarı, sitozolik proteinler, lipidler, DNA ve RNA taşıyıcılığı yoluyla etkin rol oynarlar. Ekstraselüler veziküllerin (EV) hücrelerarası trafik, bağışıklık, nörobiyoloji ve mikrobiyoloji gibi bir çok alanda kilit roller oynadığına, kanser, nörodejeneratif hastalıklar ve HIV/AIDS gibi birçok hastalıkta etkin olduklarına işaret eden bulguların sayısı her geçen gün artmaktadır. Bununla beraber, EV’lerin teşhis, takip ve tedavi süreçlerinde aktif kullanımları ancak bu parçacıkların doğru analiz yöntemleriyle detaylı karakterizasyonları neticesinde hayata geçirilebilir.Bu projede, EV’lerin çeşitli hastalıklar için biyoişaretleyici olarak kullanım potansiyellerinin anlaşılması amacıyla biyosıvılar içerisinde bulunan EV’leri yüksek duyarlılıkla algılayacak ve karakterize edebilecek, klinik ortamda kullanıma uygun yeni jenerasyon bir optik metodun geliştirilmesi hedeflenmiştir. Bu projenin kapsamı içerisinde eksozomlar bir sensör yüzeyi üzerinde algılanacak, ve interferometrik bir görüntüleme yöntemi ile yüzeye bağlanan eksozomlar tespit edilecektir. EV’lerin etkin ve spesifik bir şekilde bağlanmalarını sağlamak amacıyla sensör yüzeyi bir polimerle kaplanacak ve eksozomların yüzey proteinlerine karşı test edilecek antikorlarla aktif hale getirilecektir. Eksozomların bu mikrodizi formatında hazırlanacak antikor adacıklarına bağlanması, daha önce protein ve DNA algılamalarında, ve tek nanoparçacık ve virüs ölçümlerinde başarıyla kullanılmış optik bir metot (Interferometrik Yansıma Görüntüleyici Sensör) baz alınarak geliştirilecek yeni bir yöntemle tespit edilecektir.Bu projede önerilen yeni geliştirilecek teknoloji EV’lerin algılanmalarını ve analiz edilmelerini sağlayacak, ve sayede değişik biyosıvılar içerisindeki birçok türde EV’nin incelenmesi mümkün olacaktır. Bu yeni teknoloji, literatürde ve piyasada EV’lerin analizi için başvurulan yöntemler arasında sağlayacağı kolay, hassas, güvenilir, ve tekrar edilebilir ölçümlerle sivrilecektir. Son olarak, alanında uzman bilim insanlarının oluşturacağı uluslararası güç birliği ile geliştirilecek bu platformu kullanarak sonraki projelerde EV’lerin bir çok hastalığın tanı ve takibindeki potansiyelini doğru şekilde kullanmak, ve teşhis ve tedavi yaklaşımlarına devrim niteliğinde katkılar yapmak mümkün olacaktır.Research Project Glutatyon, Sistein ve Homosistein Tayini İçin Perilen Diimid Temelli Floresan Probların Geliştirilmesi ve Hücresel Uygulamaları(2019) GÖKHAN SADİ; Oktay TALAZ; İbrahim Yılmaz; Serdar Durdagi; Alaaddin ÇUKUROVALI; KARAMANOĞLU MEHMETBEY ÜNİVERSİTESİ; KARAMANOĞLU MEHMETBEY ÜNİVERSİTESİ; KARAMANOĞLU MEHMETBEY ÜNİVERSİTESİ; BAHÇEŞEHİR ÜNİVERSİTESİ; FIRAT ÜNİVERSİTESİÇesitli floresan sensörlerin gelistirilmesi ve uygulamaları ile ilgili çalısmalar 1980?li yılların basından beri devam etmektedir. Bu tip sensörlerin ortaya çıkmasıyla floresans spektroskopisi, biyokimyasal ve biyomedikal çalısmalarda, klinik analizlerde ve çevresel kirlilik incelemelerindeki pratik uygulamalara kadar pek çok alanda kullanılmaya baslanmıstır. Sistein (Cys), Homosistein (Hcy) ve Glutatyon (GSH) gibi birbirine benzer yapıda olan biyotiyollerin seçici ve duyarlı bir sekilde tayin edilmesi günümüzde hala bir Problem olarak karsımıza çıkmaktadır. Bu çalısmada, perilen diimit türevi moleküller sentezlenerek, sistein, homsistein ve glutatyonun florimetrik olarak seçici ve duyarlı bir sekilde tayinlerini gerçeklestirebilecek Probların gelistirilmesi hedeflenmektedir. Bu kapsamda, detayları deneysel kısımda verilen, tiyol grubuyla reaksiyon verebilecek fonksiyonel gruplara sahip perilen diimit türevleri sentezlenmistir. Sentezlenen bu bilesikler kullanılarak hazırlanan Probların sistein, homosistein ve glutatyona cevapları incelenerek, sinyallere pH etkisi, tayin limiti, cevap süresi, çözücü etkisi ve diger iyonlara ve amino asitlere karsı seçiciligi gibi karakteristik özellikleri belirlenmistir. Canlı hücrelerde tiyol gruplarının tayini amacıyla sentezlenen floresan Problarının biyogüvenli bir sekilde kullanılabilecegini göstermek ve bu Probların kullanılacagı optimum konsantrasyonları belirleyebilmek için HEK293 (Saglıklı insan embriyonik böbrek hücreleri) ve HepG2 (insan karaciger kanser hücre hattı) hücreleri üzerine ve sitotoksisite testleri gerçeklestirilmistir. Proje kapsamında sitotoksiste çalısmalarına ilave olarak floresan Probların hücre içi glutatyon, sistein ve homositein gibi tiyol gruplarını bulunduran bilesiklerin görüntülenmesinde kullanılabilirligi analiz edilmistir.Research Project Yeni Nesil Anti-Hipertansif Molekül Olarak Yapı-Bazlı Tasarlanan Oksazolon ve İmidazolon Türevlerin Fizikokimyasal ve Biyolojik Özelliklerinin Moleküler Modelleme ve Biyofiziksel Yöntemler ile Araştırılması ve Hücre Proliferasyonu Üzerine Olası Kısıtlayıcı Etkilerinin Analizi(2018) Mustafa Yavuz ERGÜN; THOMAS MAVROMOUSTAKOS; gülay bulut; Serdar Durdagi; DOKUZ EYLÜL ÜNİVERSİTESİ; Tanımlanmamış Kurum; Tanımlanmamış Kurum; BAHÇEŞEHİR ÜNİVERSİTESİRenin-anjiyotensin sistemi (RAS) bünyesinde meydana gelen ve güçlü bir vazokonstriktif hormon olan Anjiyotensin II (A-II), arteriyel kan basıncı artısı ile iliskilidir. Yeni sentetik antihipertansif ilaçların gelistirilmesinde A-II biyosentez inhibisyonu (renin veya anjiyotensin dönu?stu?ren enzim, angiotensin converting enzyme (ACE) inhibitörleri) ya da Anjiotensin II reseptör, tip 1 (AT1) reseptörüne A-II baglanma antagonizması hedef alınmaktadır. RAS, tansiyonu normal ve yüksek hastalarda kardiyovasku?ler homeostaz ve elektrolit / sıvı dengesinin düzenlenmesinde önemli rol oynamaktadır. Yapısında sekiz amino asit (sekans, DRVYIHPF) bulunan A-II, ACE tarafından RAS içinde olusturulmustur ve en gu?çlu? vazokonstriktörlerden biridir. A-II?nin ayrıca, vasku?ler hipertrofi ve miyokardiyal enfaktu?s sonrası gelisen ventriku?ler yeniden yapılanmada etkili olan bir büyüme faktörü oldugu görülmüstür. Sonuç olarak, RAS kardiyovasku?ler hastalıkların tedavisi için önemli bir hedef olmustur. ACE inhibisyonu u?zerinden A-II düzeyinin azaltılması hipertansiyon tedavisinde dogru bir yaklasım olarak kabul edilmektedir. Her ne kadar bu yaklasım çerçevesinde elde edilen ACE inhibitörleri basarılı ilaçlar olsalar da bradikinin düzeylerini arttırabildiklerinden anjiyoödem ve kuru öksürük gibi yan etkilere sahiptirler. RAS?ı hedef alan yeni ve daha özgün olan diger bir yaklasım ise A-II?nin reseptörüne baglanma bölgesinde olusturulacak antagonizmadır. Son yıllarda gerçeklestirilen arastırmalar yüksek seçicilik gösteren AT1 reseptör inhibitörlerinin gelisimine odaklanmıstır. Bu AT1 reseptör inhibitörleri, RAS üzerinde daha seçici bir inhibisyon saglamakla birlikte neredeyse hiç agonist etkileri yoktur ve ACE inhibitörlerine kıyasla daha güvenilirdirler. AT1 reseptörünün seçici blokajı, AT2 reseptörü tarafından baslatılan pozitif etkilere izin verirken A-II?nin stimu?lasyonu ile iliskili bilinen patolojik etkilerini engelleyebilir. Örnegin AT1 reseptör blokerlarının A-II?nin stimüle ettigi hu?cre proliferasyonunu inhibe ederek anti-kanser ajan olarak kullanılabilme potansiyelleri ve Alzheimer hastalıgına karsı da kullanılabilirlikleri literatürde gösterilmistir. Bu gibi hastalıklarda rol oynayan AT1 reseptöru?nu? hedefleyecek küçük moleküllerin bulunması ilaç endüstrisinin temel ugraslarından bir tanesidir. Yürütülen projenin temel amacı, bilgisayar destekli yeni nesil potent AT1 antagonistleri olarak tasarladıgımız oksazolon ve imidazolon türevlerinin moleküler mekanizmalarının in siliko teknikler ile arastırılması ile elde edilecek bilgiler ısıgında piyasada bulunan sartan türevlerine benzer ve/veya daha potent ve yan etkileri daha az olan antihipertansif öncü ilaçların gelistirilmesidir.